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HEX 亞磷醯胺，6-異構體 (HEX phosphoramidite, 6-isomer)

用於寡核苷酸合成的 HEX 亞磷醯胺，純 6-異構體。 HEX（六氯螢光素）是一種螢光素衍生物，在黃色光譜範圍內發射（最大吸收波長為 533 nm，最大發射波長為 549 nm）。 HEX 亞磷醯胺用於合成螢光標記引物和雜交探針，例如用於 qPCR 的 TaqMan、Molecular Beacon 和 Scorpion。 HEX 能被非螢光 DusQ1 暗猝滅劑有效猝滅，因為它們的光譜顯著重疊（可與孔徑為 500 Å 的 DusQ1 CPG 500 固體支持物配合使用）。許多基於毛細管凝膠電泳的自動測序儀都有 HEX 檢測通道。因此，這種亞磷醯胺常用于合成用於片段分析的 5' 標記寡核苷酸，特別適用于微衛星分析-當使用螢光標記的正向引物和非標記的反向引物擴增微衛星位點時。 用法 偶聯：3 分鐘。 脫保護：標準條件下使用25%氨水；脫保護時間取決於寡核苷酸組成和核堿基保護基團（在 55 °С 下脫保護 17 小時可去除標準核堿基上的所有保護基團）。用AMA（濃氨水/40% 甲胺水溶液 1:1 v/v）可形成約 5% 的非螢光副產物。為了避免副產物的形成，開始用氫氧化銨脫保護（室溫下 30 分鐘），然後添加等體積的 40% 甲胺水溶液，繼續用AMA 按要求脫保護（例如 65 °C 下 10 分鐘）。